La FMRQ est reconnue par le gouvernement du Québec (dans la Loi sur l’assurance maladie du Québec) comme un « organisme représentatif » habilité à conclure une entente sur les conditions de travail applicables aux médecins résident·e·s. Les quatre associations affiliées sont également accréditées au sens du Code du travail du Québec afin de négocier avec les employeurs les conditions de travail de leurs membres. En conséquence, la négociation de l’entente collective se déroule au niveau national directement entre les représentant·e·s du ministre de la Santé pour l’ensemble des employeurs et les représentant·e·s de la FMRQ et des quatre associations affiliées.